Il gruppo di ricerca diretto dal Prof. Giulio Rastelli (Dipartimento di Scienze Farmaceutiche, Università di Modena e Reggio Emilia) ha ideato e sviluppato un sistema computazionale, automatizzato e innovativo, di screening virtuale denominato BEAR (“Binding Estimation After Refinement”). BEAR utilizza una combinazione di algoritmi di “molecular docking”, dinamica molecolare e metodi accurati per il calcolo dell’energia libera di legame, valutando l’affinità di ogni molecola per un determinato target. I numerosi studi di messa a punto e validazione, condotti su molteplici target biologici e diverse classi di molecole, hanno permesso di ottimizzare le condizioni sperimentali, la velocità di esecuzione degli screening e la qualità dei risultati ottenuti da BEAR. BEAR è in grado di fornire, in tempi rapidi, liste di molecole prioritarizzate in base alla loro potenziale affinità per ognuno dei target biologici studiati, identificando nelle migliori posizioni sia molecole attive già note (validazione) che classi totalmente nuove di inibitori (predizione). Spesso, tra le migliori molecole identificate da BEAR vi sono classi di composti diverse da quelle generalmente ottenute con piattaforme di screening standard. Questo, in aggiunta all’elevato potenziale in termini di molecole biologicamente attive, rappresenta un ulteriore punto di forza di BEAR, in quanto l’identificazione di inibitori aventi strutture originali rende meno gravosa la competizione brevettuale nelle prime fasi di individuazione di potenziali farmaci. Infine, è importante sottolineare che BEAR può essere applicato per scoprire molecole attive contro qualunque tipo di patologia.
BEAR: una piattaforma di screening virtuale al servizio delle aziende farmaceutiche e biotecnologiche.
Portioli, Corinne
2010-01-01
Abstract
Il gruppo di ricerca diretto dal Prof. Giulio Rastelli (Dipartimento di Scienze Farmaceutiche, Università di Modena e Reggio Emilia) ha ideato e sviluppato un sistema computazionale, automatizzato e innovativo, di screening virtuale denominato BEAR (“Binding Estimation After Refinement”). BEAR utilizza una combinazione di algoritmi di “molecular docking”, dinamica molecolare e metodi accurati per il calcolo dell’energia libera di legame, valutando l’affinità di ogni molecola per un determinato target. I numerosi studi di messa a punto e validazione, condotti su molteplici target biologici e diverse classi di molecole, hanno permesso di ottimizzare le condizioni sperimentali, la velocità di esecuzione degli screening e la qualità dei risultati ottenuti da BEAR. BEAR è in grado di fornire, in tempi rapidi, liste di molecole prioritarizzate in base alla loro potenziale affinità per ognuno dei target biologici studiati, identificando nelle migliori posizioni sia molecole attive già note (validazione) che classi totalmente nuove di inibitori (predizione). Spesso, tra le migliori molecole identificate da BEAR vi sono classi di composti diverse da quelle generalmente ottenute con piattaforme di screening standard. Questo, in aggiunta all’elevato potenziale in termini di molecole biologicamente attive, rappresenta un ulteriore punto di forza di BEAR, in quanto l’identificazione di inibitori aventi strutture originali rende meno gravosa la competizione brevettuale nelle prime fasi di individuazione di potenziali farmaci. Infine, è importante sottolineare che BEAR può essere applicato per scoprire molecole attive contro qualunque tipo di patologia.
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