Bonnici, Vincenzo
Bonnici, Vincenzo
DIPARTIMENTO DI INFORMATICA
A knowledge base for the discovery of function, diagnostic potential and drug effects on cellular and extracellular miRNAs
2014-01-01 Francesco, Russo; Sebastiano Di, Bella; Bonnici, Vincenzo; Alessandro, Laganà; Giuseppe, Rainaldi; Marco, Pellegrini; Alfredo, Pulvirenti; Giugno, Rosalba; Alfredo, Ferro
A subgraph isomorphism algorithm and its application to biochemical data
2013-01-01 Bonnici, Vincenzo; Giugno, Rosalba; A., Pulvirenti; D., Shasha; A., Ferro
An informational test for random finite strings
2019-01-01 Bonnici, Vincenzo; Manca, Vincenzo
An integrated system for mining relations among microRNAs, drugs and phenotypes
2012-01-01 Pulvirenti, A; Giugno, Rosalba; Di Bella, S; Nigita, G; Macca, V; Giummarra, A; Garofalo, D; Caruso, G; Bonnici, Vincenzo; Ferro, A.
APPAGATO: an APproximate PArallel and stochastic GrAph querying TOol for biological networks
2016-01-01 Bonnici, Vincenzo; Busato, Federico; Micale, Giovanni; Bombieri, Nicola; Pulvirenti, Alfredo; Giugno, Rosalba
Arena-Idb: a platform to build human non-coding RNA interaction networks
2018-01-01 Bonnici, Vincenzo; De Caro, Giorgio; Constantino, Giorgio; Liuni, Sabino; D'Elia, Domenica; Bombieri, Nicola; Licciulli, Flavio; Giugno, Rosalba
Challenges in gene-oriented approaches for pan-genome content discovery
2021-01-01 Bonnici, Vincenzo; Maresi, Emiliano; Giugno, Rosalba
Comprehensive reconstruction and visualization of non-coding regulatory networks in human
2014-01-01 Bonnici, Vincenzo; Francesco, Russo; Bombieri, Nicola; Alfredo, Pulvirenti; Giugno, Rosalba
Core algorithms to search in biological structured data
2012-01-01 Bonnici, Vincenzo; Giugno, Rosalba; Pulvirenti, A; Shasha, D; Ferro, A.
cuRnet: an R package for graph traversing on GPU
2018-01-01 Bonnici, Vincenzo; Busato, Federico; Aldegheri, Stefano; Akhmedov, Murodzhon; Cascione, Luciano; Arribas Carmena, Alberto; Bertoni, Francesco; Bombieri, Nicola; Kwee, Ivo; Giugno, Rosalba
DTWeb: a web-based application for Drug-Target interaction prediction through domain-tuned network-based inference
2015-01-01 Alaimo, S; Bonnici, Vincenzo; Cancemi, D; Ferro, A; Giugno, Rosalba; Pulvirenti, A.
Fast Subgraph Matching Strategies Based on Pattern-Only Heuristics
2019-01-01 Aparo, Antonino; Bonnici, Vincenzo; Micale, Giovanni; Ferro, Alfredo; Shasha, Dennis; Pulvirenti, Alfredo; Giugno, Rosalba
GRAFIMO: variant and haplotype aware motif scanning on pangenome graphs
2021-01-01 Tognon, Manuel; Bonnici, Vincenzo; Garrison, Erik; Giugno, Rosalba; Pinello, Luca
GRAPES-DD: exploiting decision diagrams for index-driven search in biological graph databases
2021-01-01 Licheri, Nicola; Bonnici, Vincenzo; Beccuti, Marco; Giugno, Rosalba
GRAPES: a Software for Parallel Searching on Biological Graphs targeting Multi-core Architectures
2013-01-01 Giugno, Rosalba; Bonnici, V; Bombieri, N; Pulvirenti, A; Ferro, A; Shasha, D.
InfoGenomics Tools: a computational suite for informational analysis of genomes
2015-01-01 Bonnici, Vincenzo; Manca, Vincenzo
Informational laws of genome structures
2016-01-01 Bonnici, Vincenzo; Manca, Vincenzo
IT-Covid19-IT: la risposta della comunità informatica italiana alla pandemia
2021-01-01 Bonnici, Vincenzo; Cicieri, Giovanni; Distefano, Salvatore; Galletta, Letterio; Polignano, Marco; Scaffidi, Carlo
miRandola 2017: a curated knowledge base of non-invasive biomarkers
2018-01-01 Russo, Francesco; Di Bella, Sebastiano; Vannini, Federica; Berti, Gabriele; Scoyni, Flavia; Cook, Helen V; Santos, Alberto; Nigita, Giovanni; Bonnici, Vincenzo; Laganà, Alessandro; Geraci, Filippo; Pulvirenti, Alfredo; Giugno, Rosalba; De Masi, Federico; Belling, Kirstine; Jensen, Lars J; Brunak, S. Ren; Pellegrini, Marco; Ferro, Alfredo
NetMatchStar: an enhanced Cytoscape network querying app
2015-01-01 Rinnone, F; Micale, G; Bonnici, Vincenzo; Bader, Gd; Shasha, D; Ferro, A; Pulvirenti, A; Giugno, Rosalba
| Titolo | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
|---|---|---|---|
| A knowledge base for the discovery of function, diagnostic potential and drug effects on cellular and extracellular miRNAs | 1-gen-2014 | Francesco, Russo; Sebastiano Di, Bella; Bonnici, Vincenzo; Alessandro, Laganà; Giuseppe, Rainaldi; Marco, Pellegrini; Alfredo, Pulvirenti; Giugno, Rosalba; Alfredo, Ferro | |
| A subgraph isomorphism algorithm and its application to biochemical data | 1-gen-2013 | Bonnici, Vincenzo; Giugno, Rosalba; A., Pulvirenti; D., Shasha; A., Ferro | |
| An informational test for random finite strings | 1-gen-2019 | Bonnici, Vincenzo; Manca, Vincenzo | |
| An integrated system for mining relations among microRNAs, drugs and phenotypes | 1-gen-2012 | Pulvirenti, A; Giugno, Rosalba; Di Bella, S; Nigita, G; Macca, V; Giummarra, A; Garofalo, D; Caruso, G; Bonnici, Vincenzo; Ferro, A. | |
| APPAGATO: an APproximate PArallel and stochastic GrAph querying TOol for biological networks | 1-gen-2016 | Bonnici, Vincenzo; Busato, Federico; Micale, Giovanni; Bombieri, Nicola; Pulvirenti, Alfredo; Giugno, Rosalba | |
| Arena-Idb: a platform to build human non-coding RNA interaction networks | 1-gen-2018 | Bonnici, Vincenzo; De Caro, Giorgio; Constantino, Giorgio; Liuni, Sabino; D'Elia, Domenica; Bombieri, Nicola; Licciulli, Flavio; Giugno, Rosalba | |
| Challenges in gene-oriented approaches for pan-genome content discovery | 1-gen-2021 | Bonnici, Vincenzo; Maresi, Emiliano; Giugno, Rosalba | |
| Comprehensive reconstruction and visualization of non-coding regulatory networks in human | 1-gen-2014 | Bonnici, Vincenzo; Francesco, Russo; Bombieri, Nicola; Alfredo, Pulvirenti; Giugno, Rosalba | |
| Core algorithms to search in biological structured data | 1-gen-2012 | Bonnici, Vincenzo; Giugno, Rosalba; Pulvirenti, A; Shasha, D; Ferro, A. | |
| cuRnet: an R package for graph traversing on GPU | 1-gen-2018 | Bonnici, Vincenzo; Busato, Federico; Aldegheri, Stefano; Akhmedov, Murodzhon; Cascione, Luciano; Arribas Carmena, Alberto; Bertoni, Francesco; Bombieri, Nicola; Kwee, Ivo; Giugno, Rosalba | |
| DTWeb: a web-based application for Drug-Target interaction prediction through domain-tuned network-based inference | 1-gen-2015 | Alaimo, S; Bonnici, Vincenzo; Cancemi, D; Ferro, A; Giugno, Rosalba; Pulvirenti, A. | |
| Fast Subgraph Matching Strategies Based on Pattern-Only Heuristics | 1-gen-2019 | Aparo, Antonino; Bonnici, Vincenzo; Micale, Giovanni; Ferro, Alfredo; Shasha, Dennis; Pulvirenti, Alfredo; Giugno, Rosalba | |
| GRAFIMO: variant and haplotype aware motif scanning on pangenome graphs | 1-gen-2021 | Tognon, Manuel; Bonnici, Vincenzo; Garrison, Erik; Giugno, Rosalba; Pinello, Luca | |
| GRAPES-DD: exploiting decision diagrams for index-driven search in biological graph databases | 1-gen-2021 | Licheri, Nicola; Bonnici, Vincenzo; Beccuti, Marco; Giugno, Rosalba | |
| GRAPES: a Software for Parallel Searching on Biological Graphs targeting Multi-core Architectures | 1-gen-2013 | Giugno, Rosalba; Bonnici, V; Bombieri, N; Pulvirenti, A; Ferro, A; Shasha, D. | |
| InfoGenomics Tools: a computational suite for informational analysis of genomes | 1-gen-2015 | Bonnici, Vincenzo; Manca, Vincenzo | |
| Informational laws of genome structures | 1-gen-2016 | Bonnici, Vincenzo; Manca, Vincenzo | |
| IT-Covid19-IT: la risposta della comunità informatica italiana alla pandemia | 1-gen-2021 | Bonnici, Vincenzo; Cicieri, Giovanni; Distefano, Salvatore; Galletta, Letterio; Polignano, Marco; Scaffidi, Carlo | |
| miRandola 2017: a curated knowledge base of non-invasive biomarkers | 1-gen-2018 | Russo, Francesco; Di Bella, Sebastiano; Vannini, Federica; Berti, Gabriele; Scoyni, Flavia; Cook, Helen V; Santos, Alberto; Nigita, Giovanni; Bonnici, Vincenzo; Laganà, Alessandro; Geraci, Filippo; Pulvirenti, Alfredo; Giugno, Rosalba; De Masi, Federico; Belling, Kirstine; Jensen, Lars J; Brunak, S. Ren; Pellegrini, Marco; Ferro, Alfredo | |
| NetMatchStar: an enhanced Cytoscape network querying app | 1-gen-2015 | Rinnone, F; Micale, G; Bonnici, Vincenzo; Bader, Gd; Shasha, D; Ferro, A; Pulvirenti, A; Giugno, Rosalba |