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Array-based genome-wide DNA methylation profiles and gene expression analyses show novel regulatory pathways in alcohol-related hepatocellular carcinoma
2012-01-01 Udali, Silvia; Guarini, Patrizia; Ruzzenente, Andrea; Guglielmi, Alfredo; Ferrarini, Alberto; Tononi, Paola; Pattini, Patrizia; Moruzzi, Sara; Sang Woon Choi, ; Delledonne, Massimo; Friso, Simonetta
Bellerophontes: an RNA-Seq data analysis framework for chimeric transcripts discovery based on accurate fusion model
2012-01-01 F., Abate; A., Acquaviva; G., Paciello; C., Foti; E., Ficarra; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; I., Iacobucci; S., Soverini; G., Martinelli; E., Macii
Expression Dynamics of the Medicago truncatula Transcriptome during the Symbiotic Interaction with Sinorhizobium meliloti: Which Role for Nitric Oxide?
2012-01-01 A., Boscari; J., del Giudice; Ferrarini, Alberto; Venturini, Luca; A. L., Zaffini; Delledonne, Massimo; A., Puppo
Application of the whole-transcriptome shotgun sequencing approach to the study of Philadelphia-positive acute lymphoblastic leukemia
2012-01-01 Iacobucci, I; Ferrarini, Alberto; Sazzini, M; Giacomelli, Enrico; Lonetti, A; Xumerle, Luciano; Ferrari, A; Papayannidis, C; Malerba, Giovanni; Luiselli, D; Boattini, A; Garagnani, P; Vitale, A; Soverini, S; Pane, F; Baccarani, M; Delledonne, Massimo; Martinelli, Giovanni
The Grapevine Expression Atlas Reveals a Deep Transcriptome Shift Driving the Entire Plant into a Maturation Program
2012-01-01 Fasoli, Marianna; DAL SANTO, Silvia; Zenoni, Sara; Tornielli, Giovanni Battista; Farina, L.; Zamboni, Anita; Porceddu, A.; Venturini, Luca; Bicego, Manuele; Murino, Vittorio; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; Pezzotti, Mario
Exploration of the Genomic Diversity and Core Genome of the Bifidobacterium adolescentis Phylogenetic Group by Means of a Polyphasic Approach
2012-01-01 S., Duranti; F., Turroni; C., Milani; E., Foroni; F., Bottacini; F., Dal Bello; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; D., van Sinderen; M., Ventura
Bifidobacterium asteroides PRL2011 Genome Analysis Reveals Clues for Colonization of the Insect Gut
2012-01-01 Matthias, Horn; Francesca, Bottacini; Christian, Milani; Francesca, Turroni; Borja, Sánchez; Elena, Foroni; Sabrina, Duranti; Fausta, Serafini; Alice, Viappiani; Francesco, Strati; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; Bernard, Henrissat; Pedro, Coutinho; Gerald F., Fitzgerald; Abelardo, Margolles; Douwe van, Sinderen; Marco, Ventura
NEXT GENERATION TARGETED DEEP SEQUENCING OF HEMOCHROMATOSIS GENES IN IRON OVERLOADED PATIENTS: A PILOT STUDY
2013-01-01 Manna, Daniele; Zamperin, Gianpiero; Corbella, Michela; Zaninotto, Federica; Badar, Sadaf; Bozzini, Paolo; Martinelli, Nicola; Ferrarini, Alberto; Giorgetti, Alejandro; Olivieri, Oliviero; Delledonne, Massimo; Girelli, Domenico
Genetics and Genomics of Nutraceuticals in Grapes
2013-01-01 Zenoni, Sara; Tornielli, Giovanni Battista; Zamboni, Anita; DAL SANTO, Silvia; Fasoli, Marianna; Massonet, M.; Tononi, Paola; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; Pezzotti, Mario
Detection of allele-specific gene expression on next generation sequencing data
2013-01-01 Mijatovic, Vladan; Xumerle, Luciano; Trabetti, Elisabetta; Prandini, Paola; Zusi, Chiara; Buson, Genny; Ferrarini, Alberto; Zamo', Alberto; Delledonne, Massimo; Pignatti, Pierfranco; Malerba, Giovanni
De novo transcriptome characterization of Vitis vinifera cv. Corvina unveils varietal diversity
2013-01-01 Venturini, Luca; Ferrarini, Alberto; Zenoni, Sara; Tornielli, Giovanni Battista; Fasoli, Marianna; DAL SANTO, Silvia; Minio, Andrea; Buson, Genny; Tononi, Paola; Zago, Elisa Debora; Zamperin, Gianpiero; Bellin, Diana; Pezzotti, Mario; Delledonne, Massimo
Genome-wide DNA methylation and gene expression profiles analysis show novel regulatory pathways in alcohol-related hepatocellular carcinoma
2013-01-01 Udali, Silvia; Guarini, Patrizia; Ruzzenente, Andrea; Guglielmi, Alfredo; Ferrarini, Alberto; Tononi, Paola; Pattini, Patrizia; Moruzzi, Sara; Choi Sang, Woon; Delledonne, Massimo; Friso, Simonetta
Epigenetic Regulation Of Hepcidin Expression In Non-Viral Hepatocellular Carcinoma: Results Of A Genome-Wide Study
2013-01-01 Corbella, Michela; Udali, Silvia; Guarini, Patrizia; Moruzzi, Sara; Girelli, Domenico; Pattini, Patrizia; Ruzzenente, Andrea; Guglielmi, Alfredo; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; Choi, S. W.; Friso, Simonetta
Role of sortase-dependent pili of Bifidobacterium bifidum PRL2010 in modulating bacterium-host interactions
2013-01-01 F., Turroni; F., Serafini; E., Foroni; S., Duranti; M., O'Connell Motherway; V., Taverniti; M., Mangifesta; C., Milani; A., Viappiani; T., Roversi; B., Sanchez; A., Santoni; L., Gioiosa; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; A., Margolles; L., Piazza; P., Palanza; A., Bolchi; S., Guglielmetti; D., van Sinderen; M., Ventura
The high polyphenol content of grapevine cultivar tannat berries is conferred primarily by genes that are not shared with the reference genome.
2013-01-01 Da Silva, C; Zamperin, Gianpiero; Ferrarini, Alberto; Minio, Andrea; Dal Molin, Alessandra; Venturini, Luca; Buson, Genny; Tononi, Paola; Avanzato, Carla Giuseppina; Zago, Elisa Debora; Boido, E; Dellacassa, E; Gaggero, C; Pezzotti, Mario; Carrau, F; Delledonne, Massimo
Evaluation of microarray sensitivity and specificity in gene expression differential analysis by RNA-Seq and quantitative RT-PCR
2014-01-01 Noel, Dd; Malerba, Giovanni; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo
Probes specificity in array design influences the agreement between microarray and RNA-seq in gene expression analysis
2014-01-01 Noel, D. D.; Ferrarini, A; Nafan, D; Jesus, F. I.; Souleymane, S; Malerba, G; Delledonne, M
Tarrgeted Exome Sequencing of 5 Hemochromatosis Genes in Iron Overloaded Patients by Next Generation Sequencing (NGS) Platform.
2014-01-01 Badar, Sadaf; Busti, Fabiana; Castagna, Annalisa; Campostrini, Natascia; Corbella, Michela; Zamperin, Gianpiero; Zaninotto, Federica; Ferrarini, Alberto; Martinelli, Nicola; Olivieri, Oliviero; Delledonne, Massimo; Girelli, Domenico
The Sulfated Laminarin Triggers a Stress Transcriptome before Priming the SA- and ROS-Dependent Defenses during Grapevine's Induced Resistance against Plasmopara viticola
2014-01-01 Mark, Gijzen; Adrien, Gauthier; Sophie, Trouvelot; Jani, Kelloniemi; Patrick, Frettinger; David, Wendehenne; Xavier, Daire; Jean Marie, Joubert; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; Victor, Flors; Benoit, Poinssot
De novo genome assembly of the soil-borne fungus and tomato pathogen Pyrenochaeta lycopersici
2014-01-01 Maria, Aragona; Minio, Andrea; Ferrarini, Alberto; Maria, Valente; Paolo, Bagnaresi; Luigi, Orrù; Tononi, Paola; Zamperin, Gianpiero; Alessandro, Infantino; Giampiero, Valè; Luigi, Cattivelli; Delledonne, Massimo
| Titolo | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
|---|---|---|---|
| Array-based genome-wide DNA methylation profiles and gene expression analyses show novel regulatory pathways in alcohol-related hepatocellular carcinoma | 1-gen-2012 | Udali, Silvia; Guarini, Patrizia; Ruzzenente, Andrea; Guglielmi, Alfredo; Ferrarini, Alberto; Tononi, Paola; Pattini, Patrizia; Moruzzi, Sara; Sang Woon Choi, ; Delledonne, Massimo; Friso, Simonetta | |
| Bellerophontes: an RNA-Seq data analysis framework for chimeric transcripts discovery based on accurate fusion model | 1-gen-2012 | F., Abate; A., Acquaviva; G., Paciello; C., Foti; E., Ficarra; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; I., Iacobucci; S., Soverini; G., Martinelli; E., Macii | |
| Expression Dynamics of the Medicago truncatula Transcriptome during the Symbiotic Interaction with Sinorhizobium meliloti: Which Role for Nitric Oxide? | 1-gen-2012 | A., Boscari; J., del Giudice; Ferrarini, Alberto; Venturini, Luca; A. L., Zaffini; Delledonne, Massimo; A., Puppo | |
| Application of the whole-transcriptome shotgun sequencing approach to the study of Philadelphia-positive acute lymphoblastic leukemia | 1-gen-2012 | Iacobucci, I; Ferrarini, Alberto; Sazzini, M; Giacomelli, Enrico; Lonetti, A; Xumerle, Luciano; Ferrari, A; Papayannidis, C; Malerba, Giovanni; Luiselli, D; Boattini, A; Garagnani, P; Vitale, A; Soverini, S; Pane, F; Baccarani, M; Delledonne, Massimo; Martinelli, Giovanni | |
| The Grapevine Expression Atlas Reveals a Deep Transcriptome Shift Driving the Entire Plant into a Maturation Program | 1-gen-2012 | Fasoli, Marianna; DAL SANTO, Silvia; Zenoni, Sara; Tornielli, Giovanni Battista; Farina, L.; Zamboni, Anita; Porceddu, A.; Venturini, Luca; Bicego, Manuele; Murino, Vittorio; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; Pezzotti, Mario | |
| Exploration of the Genomic Diversity and Core Genome of the Bifidobacterium adolescentis Phylogenetic Group by Means of a Polyphasic Approach | 1-gen-2012 | S., Duranti; F., Turroni; C., Milani; E., Foroni; F., Bottacini; F., Dal Bello; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; D., van Sinderen; M., Ventura | |
| Bifidobacterium asteroides PRL2011 Genome Analysis Reveals Clues for Colonization of the Insect Gut | 1-gen-2012 | Matthias, Horn; Francesca, Bottacini; Christian, Milani; Francesca, Turroni; Borja, Sánchez; Elena, Foroni; Sabrina, Duranti; Fausta, Serafini; Alice, Viappiani; Francesco, Strati; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; Bernard, Henrissat; Pedro, Coutinho; Gerald F., Fitzgerald; Abelardo, Margolles; Douwe van, Sinderen; Marco, Ventura | |
| NEXT GENERATION TARGETED DEEP SEQUENCING OF HEMOCHROMATOSIS GENES IN IRON OVERLOADED PATIENTS: A PILOT STUDY | 1-gen-2013 | Manna, Daniele; Zamperin, Gianpiero; Corbella, Michela; Zaninotto, Federica; Badar, Sadaf; Bozzini, Paolo; Martinelli, Nicola; Ferrarini, Alberto; Giorgetti, Alejandro; Olivieri, Oliviero; Delledonne, Massimo; Girelli, Domenico | |
| Genetics and Genomics of Nutraceuticals in Grapes | 1-gen-2013 | Zenoni, Sara; Tornielli, Giovanni Battista; Zamboni, Anita; DAL SANTO, Silvia; Fasoli, Marianna; Massonet, M.; Tononi, Paola; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; Pezzotti, Mario | |
| Detection of allele-specific gene expression on next generation sequencing data | 1-gen-2013 | Mijatovic, Vladan; Xumerle, Luciano; Trabetti, Elisabetta; Prandini, Paola; Zusi, Chiara; Buson, Genny; Ferrarini, Alberto; Zamo', Alberto; Delledonne, Massimo; Pignatti, Pierfranco; Malerba, Giovanni | |
| De novo transcriptome characterization of Vitis vinifera cv. Corvina unveils varietal diversity | 1-gen-2013 | Venturini, Luca; Ferrarini, Alberto; Zenoni, Sara; Tornielli, Giovanni Battista; Fasoli, Marianna; DAL SANTO, Silvia; Minio, Andrea; Buson, Genny; Tononi, Paola; Zago, Elisa Debora; Zamperin, Gianpiero; Bellin, Diana; Pezzotti, Mario; Delledonne, Massimo | |
| Genome-wide DNA methylation and gene expression profiles analysis show novel regulatory pathways in alcohol-related hepatocellular carcinoma | 1-gen-2013 | Udali, Silvia; Guarini, Patrizia; Ruzzenente, Andrea; Guglielmi, Alfredo; Ferrarini, Alberto; Tononi, Paola; Pattini, Patrizia; Moruzzi, Sara; Choi Sang, Woon; Delledonne, Massimo; Friso, Simonetta | |
| Epigenetic Regulation Of Hepcidin Expression In Non-Viral Hepatocellular Carcinoma: Results Of A Genome-Wide Study | 1-gen-2013 | Corbella, Michela; Udali, Silvia; Guarini, Patrizia; Moruzzi, Sara; Girelli, Domenico; Pattini, Patrizia; Ruzzenente, Andrea; Guglielmi, Alfredo; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; Choi, S. W.; Friso, Simonetta | |
| Role of sortase-dependent pili of Bifidobacterium bifidum PRL2010 in modulating bacterium-host interactions | 1-gen-2013 | F., Turroni; F., Serafini; E., Foroni; S., Duranti; M., O'Connell Motherway; V., Taverniti; M., Mangifesta; C., Milani; A., Viappiani; T., Roversi; B., Sanchez; A., Santoni; L., Gioiosa; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; A., Margolles; L., Piazza; P., Palanza; A., Bolchi; S., Guglielmetti; D., van Sinderen; M., Ventura | |
| The high polyphenol content of grapevine cultivar tannat berries is conferred primarily by genes that are not shared with the reference genome. | 1-gen-2013 | Da Silva, C; Zamperin, Gianpiero; Ferrarini, Alberto; Minio, Andrea; Dal Molin, Alessandra; Venturini, Luca; Buson, Genny; Tononi, Paola; Avanzato, Carla Giuseppina; Zago, Elisa Debora; Boido, E; Dellacassa, E; Gaggero, C; Pezzotti, Mario; Carrau, F; Delledonne, Massimo | |
| Evaluation of microarray sensitivity and specificity in gene expression differential analysis by RNA-Seq and quantitative RT-PCR | 1-gen-2014 | Noel, Dd; Malerba, Giovanni; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo | |
| Probes specificity in array design influences the agreement between microarray and RNA-seq in gene expression analysis | 1-gen-2014 | Noel, D. D.; Ferrarini, A; Nafan, D; Jesus, F. I.; Souleymane, S; Malerba, G; Delledonne, M | |
| Tarrgeted Exome Sequencing of 5 Hemochromatosis Genes in Iron Overloaded Patients by Next Generation Sequencing (NGS) Platform. | 1-gen-2014 | Badar, Sadaf; Busti, Fabiana; Castagna, Annalisa; Campostrini, Natascia; Corbella, Michela; Zamperin, Gianpiero; Zaninotto, Federica; Ferrarini, Alberto; Martinelli, Nicola; Olivieri, Oliviero; Delledonne, Massimo; Girelli, Domenico | |
| The Sulfated Laminarin Triggers a Stress Transcriptome before Priming the SA- and ROS-Dependent Defenses during Grapevine's Induced Resistance against Plasmopara viticola | 1-gen-2014 | Mark, Gijzen; Adrien, Gauthier; Sophie, Trouvelot; Jani, Kelloniemi; Patrick, Frettinger; David, Wendehenne; Xavier, Daire; Jean Marie, Joubert; Ferrarini, Alberto; Delledonne, Massimo; Victor, Flors; Benoit, Poinssot | |
| De novo genome assembly of the soil-borne fungus and tomato pathogen Pyrenochaeta lycopersici | 1-gen-2014 | Maria, Aragona; Minio, Andrea; Ferrarini, Alberto; Maria, Valente; Paolo, Bagnaresi; Luigi, Orrù; Tononi, Paola; Zamperin, Gianpiero; Alessandro, Infantino; Giampiero, Valè; Luigi, Cattivelli; Delledonne, Massimo |
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