Next generation exome sequencing of Pancreatic Neuroendocrine Neoplasms (PanNENs)

Scopo: Identificare alterazioni molecolari clinicamente rilevanti associate alle neoplasie endocrine del pancreas (PanNENs). Materiali e Metodi: Un pannello di 37 PanNENs è stato studiato con tecniche di sequenziamento alla ricerca di alterazioni cromosomiche e delle regioni codificanti (esoma). La validazione è stata eseguita su un gruppo esteso a 128 PanNENs mediante tecnologia di sequenziamento ortogonale (Ion Torrent). Una serie di 90 campioni è stata analizzata anche mediante “SNP array” per identificare alterazioni cromosomiche numeriche. Mediante immunoistochimica è stata studiata l’espressione proteica di Menina e Atm su un totale di 171 PanNENs. Risultati: Sono state identificate mutazioni ricorrenti in geni noti e altri mai descritti in precedenza che comprendono ARID1A (2.5%), ATM (5.5%), ATRX (12%), DAXX (20%), MEN1 (35%), PTEN (8%), TSC2 (5.5%), and TAF1 (3.8%). Le mutazioni di ATRX, DAXX e PTEN si verificano in un set di campioni (50%) che mostra perdita cromosomica ricorrente (RCL) nei cromosomi 1,2,3,6,8,10,11,15,16,18,21,22 e X. Il gruppo RCL mostra un aumentato tasso di mutazione complessiva (+59%) correlato con la presenza di mutazioni di MEN1 (P < 0.001) e presenza di metastasi a distanza (P = 0.001). Conclusioni: Abbiamo descritto per la prima volta una sottoclasse di PanNENs nella quale le mutazioni del gene MEN1 identificano un sottogruppo caratterizzato dalla presenza di un pattern consistente di ricorrenti perdite cromosomiche (RCL). I pazienti all'interno di questa classe mostrano una prognosi migliore rispetto ai pazienti con condizioni cliniche simili privi di RCL.

Purpose: To identify clinically relevant molecular alterations associated to pancreatic endocrine neoplasms (PanNENs). Patients and Methods: Exome sequencing and chromosomal copy number aberrations were investigated on a discovery set of 37 PanNENs. Exome sequencing data were validated in 128 PanNENs using Ion Torrent technology. A series of 90 samples were also analyzed by SNP arrays to investigate the presence of chromosome copy number alterations. A series of 171 PanNENs was further investigated by immunohistochemistry for Menin and Atm. Results: Recurrent mutations implicating a number of known and previously unidentified genes included ARID1A (2.5%), ATM (5.5%), ATRX (12%), DAXX (20%), MEN1 (35%), PTEN (8%), TSC2 (5.5%), and TAF1 (3.8%). ATRX, DAXX and PTEN mutations clustered in a group of samples (50%) showing a set of recurrent chromosome losses (RCL) in chromosomes 1,2,3,6,8,10,11,15, 16,18,21,22 and X. The RCL group showed an increased (+59%) overall mutation rate, correlated with the presence of MEN1 mutations (P < 0.001) and presence of distant metastasis (P = 0.001). Conclusions: We describe for the first time a subclass of PanNENs in which the mutations in MEN1 gene identify a subclass distinguished by the presence of a highly consistent pattern of recurrent chromosome losses. Patients within this class show a better prognosis when compared with patients with similar clinical conditions without the RCL features.