Emoglobine vegetali non simbiotiche (nsHbs) sono state trovate in vari tessuti di piante e specie vegetali, soprattutto in piante coltivate. Diverse classi di nsHbs sono state identificate e suddivise in classe 1 (Hb1) e classe 2 (Hb2) in base alle caratteristiche filogenetiche, al modello di espressione e alle proprietà di legame dell'ossigeno. A differenza delle emoglobine simbiotiche, le nsHbs di classe 1 e classe 2 sono esacoordinate sia nello stato ferrico che ferroso, a causa di un residuo di His nella tasca distale che si lega reversibilmente al sesto legame di coordinazione del ferro, in assenza di ligandi esterni. Le nsHbs di classe 1 possiedono un'affinità molto elevata per ossigeno (Km nell'ordine di 2 nM) e la loro espressione è fortemente indotta da stress ipossico. La loro bassa concentrazione in vivo, insieme alle piccole costanti di velocità di dissociazione dell’O2, indicano che queste proteine difficilmente potrebbero avere un ruolo nel trasporto dell'O2, mentre l'alta affinità per l'O2 e il loro potenziale redox indicano che sono improbabili trasportatori di elettroni. Studi eseguiti in Arabidopsis, mais e linee di alfalfa esprimenti Hb1 sembrano indicare un ruolo delle nsHbs di classe 1 nella rimozione di ossido nitrico (NO) che viene prodotto in condizioni di grave ipossia. Relativamente poco si sa circa la funzione di nsHb2 nelle piante. Le nsHbs di classe 2 sembrano essere presenti esclusivamente nelle dicotiledoni e la loro espressione viene indotta dalle basse temperature. Sono caratterizzate da un grado di esacoordinazione piu’ elevato (100%) rispetto alle nsHbs di classe 1 e quindi hanno affinità minore per l’O2 (Km dell'ordine di 100-200 nM). In Arabidopsis, l’espressione di AHb2 è indipendente dallo stress ipossico, ma avviene in risposta alle basse temperature: cio’ indica un possibile ruolo del freddo non ancora definito. AHb2 è inoltre indotta in risposta alle citochinine, ormoni presenti in pianta. I meccanismi alla base delle risposte di AHb2 indotte sono ancora irrisolti, e potrebbero differire da AHb1. Poichè le caratteristiche del legame dell’O2 ad AHb2 sono paragonabili a quelle della leghemoglobina, non si puo’ escludere una specifica funzione di AHb2 nel facilitare la diffusione dell'O2. Anche se l'esistenza in pianta di una ossido nitrico sintasi (NOS) simile a quella di mammifero rimane controversa, l’NO sembra essere una molecola segnale chiave in una vasta gamma di eventi fisiopatologici e dello sviluppo. Il metabolita comune nitrito è una fonte potenziale di NO in pianta, poiché può essere ridotto a NO da un reazione della nitrato reduttasi citosolica, ma anche a livello mitocondriale in assenza di O2. Nitrito ed NO sono stati recentemente riportati modulare il bilancio di O2 e il metabolismo energetico nei semi in via di sviluppo, suggerendo l'esistenza di un meccanismo di regolazione che regola la frequenza respiratoria per prevenire anossia. Il presente progetto è suddiviso come segue: (A) Effetto della pentacoordinazione di AHbs sull'attività nitrito reduttasica. E 'stato recentemente riportato che deossi-AHb1 e deossi-AHb2 sono in grado di ridurre nitrito ad NO mediante un meccanismo analogo a quello osservato per l'emoglobina di mammifero, mioglobina e neuroglobina. Non si puo’ escludere, quindi, che oltre a rimuovere NO le AHbs siano in grado di produrlo. Tale reazione può verificarsi in pianta poiché l’ipossia porta ad un aumento dei livelli di nitrito e di emissione di NO, soprattutto al buio. Per verificare l'ipotesi che un cambiamento nell'equilibrio eme esacoordinato e pentacoordinato sia implicato nella velocita’ di riduzione del nitrito, abbiamo generato mutanti nella tasca distale dell’eme nelle due AHb e studiato l'attività nitrito reduttasica delle proteine mutate nonche’ le loro caratteristiche spettroscopiche. Abbiamo inoltre esaminato gli effetti delle mutazioni sul legame dei ligandi al ferro dell’eme mediante spettroscopia UV-Vis. Gli spettri di assorbimento sono stati misurati in un ampio intervallo di pH e cio’ ha consentito di esaminare la competizione tra ligando endogeno e ligandi esogeni per il sesto legame di coordinazione del ferro in funzione dello stato di protonazione dei residui in prossimità del sito attivo. Nel caso di AHb2, si e’ evidenziata l’esistenza di una varietà di complessi dell’eme sia nella forma ferrica che ferrosa, e si e’ dimostrato che sia l’HisE7 (residuo 66) che la LysE10 (residuo 69) possono entrambe comportarsi da ligandi endogeni. (B) Il Ferro dell’eme in AHb1 come substrato di una specifica reduttasi. La reazione di NO con nsHb porta ad un cambiamento nello stato di ossidazione del Ferro. Nella reazione di diossigenazione (NOD) ossiHb reagisce con NO per produrre nitrato ed Hb ferrica. Affinche’ la reazione abbia un significato catalitico, il ferro deve essere riportato allo stato ridotto. La fonte più probabile degli equivalenti riducenti è una reduttasi specifica per AHb. Questa idea ha stimolato la ricerca di reduttasi Hb-specifiche in piante, animali e batteri. Tuttavia, tali enzimi sono difficili da individuare perché molto probabilmente dissociano velocemente dopo la catalisi. Noi abbiamo utilizzato la tecnica del pull-down per l'interazione proteina-proteina allo scopo di identificare potenziali reduttasi in estratti di Arabidopsis. Dalle foglie di A.thaliana (Col-0) sono state estratte le proteine totali e l’estratto e’ stato incubato con AHb1 legata mediante coda di His ad una colonna di Ni2 +-Sepharose. L’eventuale interazione tra proteina preda (reduttasi) e proteina esca (AHb1) è stata analizzata mediante SDS-PAGE dell’eluato e successiva spettrometria di massa. In un diverso approccio, abbiamo utilizzato i sistemi di riduzione (monodeidroascorbato reduttasi e glutatione reduttasi da A.thaliana) e valutato la loro efficacia nel ridurre il ferro ferrico dell’eme in vitro. Sia la monodeidroascorbato reduttasi (MDAR, EC 1.6.5.4) che la glutatione reduttasi (GR, EC 1.8.1.7) sono enzimi chiave nel ciclo ascorbato-glutatione e sono importanti per mantenere lo stato redox della cellula vegetale. MDAR e GR legano FAD e NADH e mostrano una interessante similitudine con la porzione flavoproteina delle flavoemoglobine batteriche. Abbiamo osservato che MDAR (ma non GR), in presenza di ascorbato, e’ effettivamente in grado di mantenere AHb1wt nello stato ridotto.

Non-symbiotic plant hemoglobins (nsHbs) have been found in various plant tissues and plant species, especially in crop plants. Different classes of nsHbs have been identified and divided into class-1 (Hb1) and class-2 (Hb2) based on phylogenetic characteristics, gene expression pattern and oxygen binding properties. Differently from symbiotic hemoglobins, class 1 and class 2 nsHb are hexacoordinated in both ferric and ferrous state, due to a histidine in the distal pocket that reversibly binds the sixth coordination site of the heme iron, in the absence of external ligands. Class 1 non-symbiotic hemoglobins have a very high oxygen affinity (Km in the order of 2 nM) and their expression is highly induced by hypoxic stress. Low concentrations in vivo along with small oxygen dissociation rate constants indicate that these nsHbs are unlikely to function in oxygen transport, while high oxygen affinity and redox potential indicate they are unlikely to function in electron transport. Studies using Arabidopsis, maize and alfalfa lines over-expressing Hb1 indicate a role of class-1 Hbs in scavenging nitric oxide (NO) that is produced under severe hypoxia. Relatively little is known about the function of Hb2 in plants. Class 2 nsHbs seem to be exclusive to dicots and are overexpressed when plants experience low temperatures. They are characterized by a tighter hexacoordination than class 1 nsHbs and thus they have lower oxygen affinities (in the order of 100–200 nM). In Arabidopsis, AHb2 expression is resilient to hypoxic stress, but shows induction in response to low temperatures indicating a possible yet undefined role under cold-stress. AHb2 is also induced in response to the plant hormone cytokinin. The underlying mechanisms of AHb2-induced responses are still unresolved, and may differ from AHb1. Since the oxygen binding characteristics of AHb2 are comparable to leghemoglobin, a specific function of AHb2 in facilitating oxygen diffusion cannot be excluded. Although the existence of a mammalian type of nitric oxide synthase (NOS) remains controversial, NO appears to be a key signalling molecule in a broad array of pathophysiological and developmental events. The common metabolite nitrite is an alternative potential source of NO since it can be reduced to NO by a side-reaction of the cytosolic plant nitrate reductase, but also by plant mitochondria in the absence of oxygen. Nitrite and NO were recently shown to modulate oxygen balance and energy metabolism in developing seeds, suggesting the existence of a regulatory mechanism adjusting respiratory rate to prevent anoxia. The present project is divided as follows: (a) Effect of AHbs Pentacoordination on nitrite reductase activity. It has recently been reported that deoxy AHb1 and AHb2 reduce nitrite to form NO via a mechanism analogous to that observed for hemoglobin, myoglobin and neuroglobin. There is a possibility that plant Hbs produce NO in addition to scavenging it. Such a reaction could occur in plants because hypoxia leads to an increase in nitrite levels and NO emission, particularly in the dark. To test the hypothesis that a change in the equilibrium between six- and five-coordinate heme mediates the control in the nitrite reduction rate, we have generated distal pocket mutants of the two AHbs and the resulting proteins have been examined for nitrite reductase activity and spectroscopic features. Additionally, we have examined the effects of the active site residues on the ligand binding to the heme iron of AHb using UV-Vis spectroscopy in order to better understand the function of non-symbiotic hemoglobin from A.thaliana. We measured the absorption spectra over a wide range of pH which enabled us to examine the competition of endogenous and exogenous ligands for the sixth heme coordination as a function of the protonation states of the residues in the vicinity of the active site. Besides AHbs hexacoordination of the ferric and ferrous unligated species, it exhibits a few other remarkable features. In case of AHb2, a variety of different heme complexes exist in the ferric and ferrous states, and HisE7 (at position 66) and LysE10 (at position 69) can both compete as endogenous ligands. (b) The heme iron atom of AHb1 as substrate for a reductase partner. The reaction of nsHb with NO involves a change in heme-iron oxidation state. In NO dioxygenation (NOD) reaction oxyHb reacts with NO to yield nitrate and ferric Hb. Catalytic continuation of this reaction requires re-reduction of the heme iron. The most likely source of reduction is a reductase enzyme with specific activity toward the Hb. This idea has led to recent searches for Hb-specific reductases in plants, animals, and bacteria. However, such enzymes are difficult to identify because they likely dissociate after catalysis. Here, we have employed pull-down technique for protein-protein interaction to identify potential cognate reductase. Total protein was extracted from the leaves of A.thaliana (Col-0) and subjected to incubation with histidine tagged AHb1 bound with Ni2+-sepharose beads. The Prey protein (Cognate reductase) interaction with Bait (AHb1) was studied by loading the eluate on the 12% SDS-PAGE and subsequent identification of prey protein with mass-spectrometry. In a different approach, we used reduction system(s) (Monodehydroascorbate reductase and Glutathione reductase from A.thaliana) to test their efficiency to reduce the ferric heme iron in vitro. Monodehydroascorbate reductase (MDAR, EC 1.6.5.4) and Glutathione reductase (GR, EC 1.8.1.7) are key enzymes in ascorbate-glutathione cycle and are important to maintain the redox status of the plant cell. MDAR and GR contain FAD- and NADH-binding domains and have some similarity to the flavoprotein part of bacterial flavohemoglobins. We observed that MDAR (but not GR), along with ascorbate, effectively maintain the AHb1 WT in the reduced state.

Structural and functional investigation of Arabidopsis thaliana non-symbiotic hemoglobins

KUMAR, Nitin
2013

Abstract

Emoglobine vegetali non simbiotiche (nsHbs) sono state trovate in vari tessuti di piante e specie vegetali, soprattutto in piante coltivate. Diverse classi di nsHbs sono state identificate e suddivise in classe 1 (Hb1) e classe 2 (Hb2) in base alle caratteristiche filogenetiche, al modello di espressione e alle proprietà di legame dell'ossigeno. A differenza delle emoglobine simbiotiche, le nsHbs di classe 1 e classe 2 sono esacoordinate sia nello stato ferrico che ferroso, a causa di un residuo di His nella tasca distale che si lega reversibilmente al sesto legame di coordinazione del ferro, in assenza di ligandi esterni. Le nsHbs di classe 1 possiedono un'affinità molto elevata per ossigeno (Km nell'ordine di 2 nM) e la loro espressione è fortemente indotta da stress ipossico. La loro bassa concentrazione in vivo, insieme alle piccole costanti di velocità di dissociazione dell’O2, indicano che queste proteine difficilmente potrebbero avere un ruolo nel trasporto dell'O2, mentre l'alta affinità per l'O2 e il loro potenziale redox indicano che sono improbabili trasportatori di elettroni. Studi eseguiti in Arabidopsis, mais e linee di alfalfa esprimenti Hb1 sembrano indicare un ruolo delle nsHbs di classe 1 nella rimozione di ossido nitrico (NO) che viene prodotto in condizioni di grave ipossia. Relativamente poco si sa circa la funzione di nsHb2 nelle piante. Le nsHbs di classe 2 sembrano essere presenti esclusivamente nelle dicotiledoni e la loro espressione viene indotta dalle basse temperature. Sono caratterizzate da un grado di esacoordinazione piu’ elevato (100%) rispetto alle nsHbs di classe 1 e quindi hanno affinità minore per l’O2 (Km dell'ordine di 100-200 nM). In Arabidopsis, l’espressione di AHb2 è indipendente dallo stress ipossico, ma avviene in risposta alle basse temperature: cio’ indica un possibile ruolo del freddo non ancora definito. AHb2 è inoltre indotta in risposta alle citochinine, ormoni presenti in pianta. I meccanismi alla base delle risposte di AHb2 indotte sono ancora irrisolti, e potrebbero differire da AHb1. Poichè le caratteristiche del legame dell’O2 ad AHb2 sono paragonabili a quelle della leghemoglobina, non si puo’ escludere una specifica funzione di AHb2 nel facilitare la diffusione dell'O2. Anche se l'esistenza in pianta di una ossido nitrico sintasi (NOS) simile a quella di mammifero rimane controversa, l’NO sembra essere una molecola segnale chiave in una vasta gamma di eventi fisiopatologici e dello sviluppo. Il metabolita comune nitrito è una fonte potenziale di NO in pianta, poiché può essere ridotto a NO da un reazione della nitrato reduttasi citosolica, ma anche a livello mitocondriale in assenza di O2. Nitrito ed NO sono stati recentemente riportati modulare il bilancio di O2 e il metabolismo energetico nei semi in via di sviluppo, suggerendo l'esistenza di un meccanismo di regolazione che regola la frequenza respiratoria per prevenire anossia. Il presente progetto è suddiviso come segue: (A) Effetto della pentacoordinazione di AHbs sull'attività nitrito reduttasica. E 'stato recentemente riportato che deossi-AHb1 e deossi-AHb2 sono in grado di ridurre nitrito ad NO mediante un meccanismo analogo a quello osservato per l'emoglobina di mammifero, mioglobina e neuroglobina. Non si puo’ escludere, quindi, che oltre a rimuovere NO le AHbs siano in grado di produrlo. Tale reazione può verificarsi in pianta poiché l’ipossia porta ad un aumento dei livelli di nitrito e di emissione di NO, soprattutto al buio. Per verificare l'ipotesi che un cambiamento nell'equilibrio eme esacoordinato e pentacoordinato sia implicato nella velocita’ di riduzione del nitrito, abbiamo generato mutanti nella tasca distale dell’eme nelle due AHb e studiato l'attività nitrito reduttasica delle proteine mutate nonche’ le loro caratteristiche spettroscopiche. Abbiamo inoltre esaminato gli effetti delle mutazioni sul legame dei ligandi al ferro dell’eme mediante spettroscopia UV-Vis. Gli spettri di assorbimento sono stati misurati in un ampio intervallo di pH e cio’ ha consentito di esaminare la competizione tra ligando endogeno e ligandi esogeni per il sesto legame di coordinazione del ferro in funzione dello stato di protonazione dei residui in prossimità del sito attivo. Nel caso di AHb2, si e’ evidenziata l’esistenza di una varietà di complessi dell’eme sia nella forma ferrica che ferrosa, e si e’ dimostrato che sia l’HisE7 (residuo 66) che la LysE10 (residuo 69) possono entrambe comportarsi da ligandi endogeni. (B) Il Ferro dell’eme in AHb1 come substrato di una specifica reduttasi. La reazione di NO con nsHb porta ad un cambiamento nello stato di ossidazione del Ferro. Nella reazione di diossigenazione (NOD) ossiHb reagisce con NO per produrre nitrato ed Hb ferrica. Affinche’ la reazione abbia un significato catalitico, il ferro deve essere riportato allo stato ridotto. La fonte più probabile degli equivalenti riducenti è una reduttasi specifica per AHb. Questa idea ha stimolato la ricerca di reduttasi Hb-specifiche in piante, animali e batteri. Tuttavia, tali enzimi sono difficili da individuare perché molto probabilmente dissociano velocemente dopo la catalisi. Noi abbiamo utilizzato la tecnica del pull-down per l'interazione proteina-proteina allo scopo di identificare potenziali reduttasi in estratti di Arabidopsis. Dalle foglie di A.thaliana (Col-0) sono state estratte le proteine totali e l’estratto e’ stato incubato con AHb1 legata mediante coda di His ad una colonna di Ni2 +-Sepharose. L’eventuale interazione tra proteina preda (reduttasi) e proteina esca (AHb1) è stata analizzata mediante SDS-PAGE dell’eluato e successiva spettrometria di massa. In un diverso approccio, abbiamo utilizzato i sistemi di riduzione (monodeidroascorbato reduttasi e glutatione reduttasi da A.thaliana) e valutato la loro efficacia nel ridurre il ferro ferrico dell’eme in vitro. Sia la monodeidroascorbato reduttasi (MDAR, EC 1.6.5.4) che la glutatione reduttasi (GR, EC 1.8.1.7) sono enzimi chiave nel ciclo ascorbato-glutatione e sono importanti per mantenere lo stato redox della cellula vegetale. MDAR e GR legano FAD e NADH e mostrano una interessante similitudine con la porzione flavoproteina delle flavoemoglobine batteriche. Abbiamo osservato che MDAR (ma non GR), in presenza di ascorbato, e’ effettivamente in grado di mantenere AHb1wt nello stato ridotto.
Non symbiotic hemoglobin(s); Monodehydroascorbate reductase; Glutathione reductase; Nitrite; Nitric oxide; Ferrous; Ferric; Hexacoordination; Hemoglobin AHb1; Hemoglobin AHb2
Non-symbiotic plant hemoglobins (nsHbs) have been found in various plant tissues and plant species, especially in crop plants. Different classes of nsHbs have been identified and divided into class-1 (Hb1) and class-2 (Hb2) based on phylogenetic characteristics, gene expression pattern and oxygen binding properties. Differently from symbiotic hemoglobins, class 1 and class 2 nsHb are hexacoordinated in both ferric and ferrous state, due to a histidine in the distal pocket that reversibly binds the sixth coordination site of the heme iron, in the absence of external ligands. Class 1 non-symbiotic hemoglobins have a very high oxygen affinity (Km in the order of 2 nM) and their expression is highly induced by hypoxic stress. Low concentrations in vivo along with small oxygen dissociation rate constants indicate that these nsHbs are unlikely to function in oxygen transport, while high oxygen affinity and redox potential indicate they are unlikely to function in electron transport. Studies using Arabidopsis, maize and alfalfa lines over-expressing Hb1 indicate a role of class-1 Hbs in scavenging nitric oxide (NO) that is produced under severe hypoxia. Relatively little is known about the function of Hb2 in plants. Class 2 nsHbs seem to be exclusive to dicots and are overexpressed when plants experience low temperatures. They are characterized by a tighter hexacoordination than class 1 nsHbs and thus they have lower oxygen affinities (in the order of 100–200 nM). In Arabidopsis, AHb2 expression is resilient to hypoxic stress, but shows induction in response to low temperatures indicating a possible yet undefined role under cold-stress. AHb2 is also induced in response to the plant hormone cytokinin. The underlying mechanisms of AHb2-induced responses are still unresolved, and may differ from AHb1. Since the oxygen binding characteristics of AHb2 are comparable to leghemoglobin, a specific function of AHb2 in facilitating oxygen diffusion cannot be excluded. Although the existence of a mammalian type of nitric oxide synthase (NOS) remains controversial, NO appears to be a key signalling molecule in a broad array of pathophysiological and developmental events. The common metabolite nitrite is an alternative potential source of NO since it can be reduced to NO by a side-reaction of the cytosolic plant nitrate reductase, but also by plant mitochondria in the absence of oxygen. Nitrite and NO were recently shown to modulate oxygen balance and energy metabolism in developing seeds, suggesting the existence of a regulatory mechanism adjusting respiratory rate to prevent anoxia. The present project is divided as follows: (a) Effect of AHbs Pentacoordination on nitrite reductase activity. It has recently been reported that deoxy AHb1 and AHb2 reduce nitrite to form NO via a mechanism analogous to that observed for hemoglobin, myoglobin and neuroglobin. There is a possibility that plant Hbs produce NO in addition to scavenging it. Such a reaction could occur in plants because hypoxia leads to an increase in nitrite levels and NO emission, particularly in the dark. To test the hypothesis that a change in the equilibrium between six- and five-coordinate heme mediates the control in the nitrite reduction rate, we have generated distal pocket mutants of the two AHbs and the resulting proteins have been examined for nitrite reductase activity and spectroscopic features. Additionally, we have examined the effects of the active site residues on the ligand binding to the heme iron of AHb using UV-Vis spectroscopy in order to better understand the function of non-symbiotic hemoglobin from A.thaliana. We measured the absorption spectra over a wide range of pH which enabled us to examine the competition of endogenous and exogenous ligands for the sixth heme coordination as a function of the protonation states of the residues in the vicinity of the active site. Besides AHbs hexacoordination of the ferric and ferrous unligated species, it exhibits a few other remarkable features. In case of AHb2, a variety of different heme complexes exist in the ferric and ferrous states, and HisE7 (at position 66) and LysE10 (at position 69) can both compete as endogenous ligands. (b) The heme iron atom of AHb1 as substrate for a reductase partner. The reaction of nsHb with NO involves a change in heme-iron oxidation state. In NO dioxygenation (NOD) reaction oxyHb reacts with NO to yield nitrate and ferric Hb. Catalytic continuation of this reaction requires re-reduction of the heme iron. The most likely source of reduction is a reductase enzyme with specific activity toward the Hb. This idea has led to recent searches for Hb-specific reductases in plants, animals, and bacteria. However, such enzymes are difficult to identify because they likely dissociate after catalysis. Here, we have employed pull-down technique for protein-protein interaction to identify potential cognate reductase. Total protein was extracted from the leaves of A.thaliana (Col-0) and subjected to incubation with histidine tagged AHb1 bound with Ni2+-sepharose beads. The Prey protein (Cognate reductase) interaction with Bait (AHb1) was studied by loading the eluate on the 12% SDS-PAGE and subsequent identification of prey protein with mass-spectrometry. In a different approach, we used reduction system(s) (Monodehydroascorbate reductase and Glutathione reductase from A.thaliana) to test their efficiency to reduce the ferric heme iron in vitro. Monodehydroascorbate reductase (MDAR, EC 1.6.5.4) and Glutathione reductase (GR, EC 1.8.1.7) are key enzymes in ascorbate-glutathione cycle and are important to maintain the redox status of the plant cell. MDAR and GR contain FAD- and NADH-binding domains and have some similarity to the flavoprotein part of bacterial flavohemoglobins. We observed that MDAR (but not GR), along with ascorbate, effectively maintain the AHb1 WT in the reduced state.
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