Nel corso dei secoli XV e XVI le autorità civili promossero la riorganizzazione del sistema assistenziale. Se è innegabile che in quest'arco temporale il potere laico prese ad occuparsi direttamente del settore assistenziale, tale lettura rischia di rendere meno evidente l'apporto delle autorità ecclesiastiche. Non solo esse collaborarono attivamente alla riforma ospedaliera, ma nel corso del Cinquecento fiorirono ordini dei chierici regolari intensamente impegnati in attività di solidarietà sociale, quali la distribuzione di elemosine, la cura degli infermi, l'alfabetizzazione e l'educazione dei fanciulli e delle fanciulle indigenti. In particolare, nel settore sanitario si distinsero i Fatebenefratelli e i Camilliani, spesso chiamati per prestare servizio in ospedali laici. Non sempre, però, la loro presenza fu bene accolta e in alcune circostanze divenne oggetto di dissensi con le autorità civili e con quelle ecclesiastiche.