Approccio informatico nello studio di malattie complesse per l'individuazione di possibili parentele non note tramite l'analisi del genotipo in individui non relati

Uno studio per la ricerca di componenti genetiche di malattie complesse richiede, al giorno d’oggi, la caratterizzazione di migliaia di individui per centinaia di migliaia di marcatori. Gli studi di associazione caso-controllo necessitano della presenza di individui non imparentati tra loro per stimare correttamente la frequenza allelica. La presenza di parentele non rilevate potrebbe confondere la stima di tali frequenze in casi e/o nei controlli e portare il ricercatore a descrivere associazioni tra genotipo e fenotipo errate. Al fine di identificare se nel gruppo studiato sono presenti coppie di individui aventi un possibile grado di parentela, non identificato nella fase di raccolta del campione, abbiamo sviluppato una procedura in silico che compara la probabilit`a di parentela rispetto alla probabilit`a di non parentela tra due individui condizionata al genotipo. I casi testati sono i pi`u comuni: I grado (padre-figlio e coppia di fratelli) e II grado (zio-nipote e nonno-nipote). Lo studio mostra come il linkage disequilibrium tra i marcatori diminuisca l’informativit`a dei marcatori stessi nei test di parentela. Ad esempio, per supportare l’ipotesi di una parentela di II grado con un potere del 80% ed un rate di falsi positivi del 5% necessitano: 100 SNP indipendenti tra loro o 275 SNP organizzati a blocchi di 5 SNP in linkage disequilibrium con un r2 0:4 e fase sconosciuta. Tuttavia, ricostruire probabilisticamente la fase degli aplotipi aumenta l’informativit`a dei marcatori a disposizione. Ad esempio, per supportare l’ipotesi suddetta con aplotipi a fase ricostruita necessitano: 20 aplotipi (100 SNP a blocchi di 5 con r2 0:4) o 40 aplotipi (200 SNP a blocchi di 5 con r2 0:8).

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